Mit dem Ende der Belagerung des Planeten Bajor durch die Cardassianer im Jahr 2369, assen diese ihre ehemalige Bergbau-Raumstation Terok Nor im Orbit des Planeten zurück. Auf Einladung der neuen Provisorischen Regierung von Bajor, übernimmt die Sternenflotte in Zusammenarbeit mit den Bajoranern den Wiederaufbau der verwüsteten Raumstation, die inzwischen den Namen Deep Space Nine trägt. Doch die Situation, in der sich die Starfleet, und vor allem der neue kommandierende Offizier, Commander Benjamin Sisko (Avery Brooks), befinden ist alles andere als einfach. Viele Bajoraner stehen den Sternenflotten-Angehörigen feindlich und abwehrend gegenüber - zu frisch sind die Erinnerungen an die Besatzungszeit. Doch die neu gegründete Allianz hält und mit der Entdeckung eines Wurmlochs in den bis dahin unerforschten Gamma-Quadranten wird Deep Space Nine zu einem der wichtigsten Außenposten der Föderation und zu einem neuen Zentrum intergalaktischen Handels und Reisens. Doch während die Föderation noch mit ihren eigenen Problemen beschäftigt ist, vor allem mit einer Terroristischen Splittergruppe namens "Maquis", braut sich im Gamma-Quadraten eine ungleich größere Gefahr zusammen. Das Dominion, ein hierarchisch strukturierter Zusammenschluss der extrem fremdenfeindlichen Formwandler, der diplomatischen aber wankelmütigen Vorta und der genetisch gezüchteten Jem'Hadar-Krieger, sieht das Wurmloch als Bedrohung ihrer Macht. Sie beschließen kurzerhand, ihre Version von Ordnung in den Alpha-Quadranten zu bringen... indem sie ihn erobern. Und damit beginnt der Krieg. Zu Beginn verdeckt, dann für alle sichtbar erfasst der Krieg jede große Macht im Alpha-Quadranten. Alte, den Frieden garantierende Bündnisse werden aufgekündigt und ehemalige Feinde werden zu unerwarteten Verbünden. Im Zentrum des Geschehens, am Knotenpunkt der Ereignisse, die Raumstation Deep Space Nine, die es neben den Angriffen von außen nun auch noch mit Formwandlern zu tun bekommt, welche die Regierungen der einzelnen Alpha-Quadrant-Großmächte zu infiltrieren versuchen. Und plötzlich geht es in dem Krieg nicht mehr nur um Territorien oder Macht... jetzt geht es um die Freiheit.