Hauptperson und Ich-Erzähler der Serie "Scrubs" ist der junge Mediziner John Michael Dorian (Zach Braff) - von seinen Kollegen kurz J.D. genannt. Frisch von der Universität gekommen, taucht er in die Welt des tagtäglichen Krankenhausbetriebs im Sacred Heart Hospital ein und lernt dabei Schritt für Schritt, mit den Höhen und Tiefen des Arztberufes umzugehen. Die Zuschauer sind jederzeit hautnah mit dabei, während sie an J.D.'s Gedanken, Ängsten und Tagträumen teilhaben, die teilweise jedoch recht bizarre Dimensionen annehmen. Mit der Zeit entwickelt er sich natürlich weiter und gewinnt dabei sogar die eine oder andere philosophische Erkenntnis. Ähnlich ergeht es auch seinen zwei gleichaltrigen Kollegen: Der hübschen wie zielstrebigen (aber oft auch sehr unsicheren und tollpatschigen) Elliot Reid (Sarah Chalke) sowie seinem College-Freund und langjährigen Mitbewohner Christopher Turk (Donald Faison), kurz Turk genannt. Neben der Berufswahl verbindet die drei eine enge Freundschaft, die allerdings vor allem im Fall von J.D. und Elliot des öfteren auf eine harte Bewährungsprobe gestellt wird. Obwohl außer Frage steht, dass die beiden durchaus mehr als nur freundschaftliche Gefühle füreinander empfinden, war bisher jeder Versuch, eine Beziehung zu führen, zum kläglichen Scheitern verurteilt. Ein vollständiges anderes Verhältnis verbindet die drei mit ihrem Vorgesetzten, dem strengen Chefarzt Dr. Robert Kelso (Ken Jenkins) und dem sarkastisch-narzisstischen Oberarzt Dr. Perry Cox (John C. McGinley). Während Kelso offenkundig nur das finanzielle Wohl der Klinik am Herzen liegt, besticht Dr. Cox durch geradezu beispielhafte Berufsethik. Trotzdem scheint er ein emotionales Wrack zu sein und gibt sich kühl und distanziert, was sich vor allem in seinem zynischen Humor ausdrückt. Er und Dr. Kelso sind verfeindet und desöfteren beschimpft Dr. Cox Dr. Kelso als Satan persönlich. Nichtsdestotrotz betrachtet J.D. Dr. Cox als seinen "Mentor" und berufliches Vorbild. Ganz im Gegensatz dazu steht der namenlose Hausmeister des Sacred Heart Hospitals, welcher der Einfachheit halber nur als "the Janitor" (Neil Flynn) bezeichnet wird. Ihn und J.D. verbindet seit dem ersten Tag eine Art Hass-Lebe, die ihres Gleichen sucht, wohingegen Turk schnell seine wahre Liebe in der schönen Krankenschwester Carla Espinosa (Judy Reyes) findet...