Vierzig Jahre nach den erbittert geführten Cylon-Kriegen taucht der tödlichste Feind der Menschheit wieder auf - ohne Vorwarnung und mit aller Macht. In einer plötzlichen, vernichtenden nuklearen Attacke vernichten die roboterartigen Wesen, von denen einige menschliche Gestalt angenommen haben, zwölf kolonisierte Planeten und töten Millionen von Menschen. Nur eine bunt gemischte Flotte der Kolonialen Streitkräfte ist übrig geblieben, um die wenigen Überlebenden der Menschheit in Sicherheit zu bringen. Commander William Adama (Edward James Olmos), ein Veteran der Kriege und ranghöchster überlebender Offizier, reaktiviert den Battlestar Galactica, um sich seiner größten Herausforderung zu stellen.

Nach einer verlorenen Schlacht flieht der verbliebene Rest der Menschheit vor den Cylons und begibt sich auf die Suche nach einer neuen Heimat, dem sagenumwobenen Ursprungsplaneten der zwölf Kolonien, genannt Erde. Mit den Vorräten und Waffen schwindet allerdings auch die Hoffnung, und Commander Adama und Präsidentin Laura Roslin (Mary McDonnell) müssen erkennen, dass ihre Probleme weitaus größer sind als die unmittelbare Bedrohung durch die Cylons.